Когда на приемке товара, полученного по электронной накладной, обнаруживается расхождение по качеству и/или количеству, то можно либо запросить отмену электронной накладной, либо сформировать  электронный акт приемки. Нужно определить метод работы с каждым контрагентом.

Для работы с электронным актом приемки нужно отметить признак Использовать электронные акты приемки в карточке организации.

Чтобы сформировать акт приемки, создайте приходную накладную на базе электронной накладной.

В накладной:

• на вкладке Производные документы должны быть отмечены признаки Создать поставку и Создать акт расхождений
• В столбце Кол-во (поставлено) должно быть проставлено фактически принятое количество, по которому видно расхождение. 
• провести накладную

На форме Закупки - Накладные выделить накладную и на вкладке Печатные формы - Электронная накладная нажать Подписать и отправить (покупатель). 

После того, как накладная отправлена, перейти на вкладку Электронный акт приемки и нажать Создать электронный акт приемки.  Затем отправить созданный акт.