Для переоценки НДС необходимо создать операцию переоценки, в которой должен быть отмечен признак Изменение НДС. 

На форме Администрирование - Настройки - Акты переоценки нужно указать Операцию переоценки НДС по умолчанию и сохранить изменения.  Если будет выбрана операция без признака изменения НДС, программа не позволит сохранить изменения и выдаст предупреждение .