Для перемещения товаров между собственными складами и магазинами используются документы поставки.
Склад/магазин, который выступает поставщиком, создает на форме Склад - Отгрузки - Поставки (продажа) документ поставки товаров кнопкой Добавить.

На форме поставки нужно указать:

Для получения перемещения возможны несколько вариантов:
1. Документ поставка (продажа) станет также выполнять функцию документа поставка (закупка). При проведении поставки (продажа) на складе отправителе товар по документу будет списан со склада отправителя, и оприходован на склад получателя. Для склада получателя документ поставки отобразится на форме Склад - Поставки(закупка). Для этого нужно в операции перемещения (продажи) (Продажи-Операции) на вкладке Производные документы отметить опцию Поставка (закупка) и указать соответствующую Операцию закупки (операции закупки настраиваются в Закупки - Операции).

Отображение для склада поставщика

Отображение для склада получателя

2. Создание черновика поставки (закупка) поставщиком
3. Создание поставки (закупка) на основании поставки (продажа)